Die Philharmonie Merck ist benannt nach der Apothekerfamilie Merck, die 1668 die Grundlage schuf für das älteste pharmazeutisch-chemische Unternehmen der Welt - die heutige Firma Merck in Darmstadt. Das Unternehmen ist Hauptsponsor des Orchesters.
Das Ensemble wurde 1966 gegründet - zunächst als Werksorchester unter dem Namen "Instrumentalkreis im Hause Merck". Im Laufe der Jahre entwickelte sich hieraus ein Profi-Orchester. Seit 2003 trägt das Orchester den Namen Philharmonie Merck. Im selben Jahr wurde Wolfgang Heinzel Chefdirigent. Das freie Orchester besteht aus bis zu 80 professionellen Musikern, die für bestimmte Arbeitsphasen zusammen kommen. Das Repertoire der Philharmonie umfasst alle Stilrichtungen von Barock über Romantik bis hin zur zeitgenössischen Musik sowie Crossover-Projekte. Mehr als 20.000 Zuschauer besuchen jährlich die Konzerte in Darmstadt und Umgebung. Daneben veranstaltet die Philharmonie Kinder- und Jugendprojekte, beispielsweise Sitzkissenkonzerte oder Orchesterwerkstätten. Ziel dabei ist es, Kinder und Jugendliche für klassische Musik zu begeistern.
1996 veranstaltete die Philharmonie Merck erstmals das Festival "Musikalischer Herbst". Alle zwei Jahre lädt das Ensemble seitdem internationale Spitzenklangkörper, wie das Philharmonia Orchestra London, das Gewandhausorchester Leipzig oder das European Union Youth Orchestra, nach Darmstadt ein. Im Rahmen der Konzertreihe traten bereits viele renommierte Künstler auf, unter anderem Vladimir Ashkenazy, Sir Roger Norrington, Ben Heppner oder Arabella Steinbacher. Aber auch junge Ensembles, beispielsweise das schwedische A-cappella-Ensemble "The Real Group" oder das Vokalquintett "amarcord" aus Leipzig, waren im Rahmen des Festivals in Darmstadt zu Gast.
Die Philharmonie Merck hat sich jedoch nicht nur regional einen Namen gemacht. Konzertreisen führten das Orchester unter anderem nach Amsterdam, Barcelona, Lissabon, Paris, Wien, Litauen, Indien, Brasilien und Mexiko. Mehrere CD-Einspielungen veranschaulichen die Entwicklung des Orchesters. Zuletzt erschien 2008 das Klassik-Jazz-Projekt "Teatime at the Savoy". Zahlreiche internationale Radiosender nahmen die Aufnahme in ihr Programm auf. Der Hessische Rundfunk wählte sie zur CD der Woche.